В самом начале истории ГУЛАГа был только один лагерь — СЛОН. Соловецкий лагерь особого назначения, через него прошли многие старые революционеры, члены различных социалистических партий. В основном все они сталкивались с арестом и ссылкой не впервые, но СЛОН поражал их жуткими условиями содержания, невиданными в царские времена. Однако вскоре выяснилось, что условия на Соловках в самом начале их существования были приемлемее и лучше, чем на тех же Соловках и во всех остальных лагерях после того, как система ГУЛАГа была отлажена.
Соловецкие лагеря занимают особое место в истории советских лагерей и тюрем. Хотя первые концентрационные лагеря для политических заключенных были открыты уже в 1918, тем не менее именно здесь сформировалась и развилась система политических лагерей, позднее распространившаяся на всю страну. СЛОН положил начало системе лагерей, которую Александр Солженицын впоследствии назвал Архипелагом ГУЛАГ. В 1937-м году СЛОН был переименован в СТОН - соловецкую тюрьму особого назначения.
Первыми на Соловки были сосланы политические противники — эсеры, меньшевики, анархисты, белогвардейцы, попадали сюда и уголовники, значительным был контингент лиц духовного звания. Во второй половине 30-х годов с ростом в стране репрессий на острова попадают многие ученые, старые партийные кадры, работники Коминтерна, работники НКВД, эмигранты, деятели культуры. Осенью 1931 заключенные составили первый десант строителей Беломорканала. (с 1933-37 гг. — Соловецкое специальное (штрафное) отделение Беломоро-Балтийского комбината). С 1937-39 гг. — Соловецкая тюрьма Главного управления государственной безопасности НКВД. На протяжении почти двух десятилетий, до 1939 г., сотни тысяч заключенных плотно заполняли помещения кремля и отдаленных скитов.
В период Великой Отечественной войны в стенах монастыря располагается учебный отряд Северного флота. После войны Соловецкие острова продолжали оставаться в ведении Министерства обороны.